En 1834 ya se utilizaba en los membretes de los papeles de la Capitanía de Puerto de Buenos Aires un logotipo en cuya composición se apreciaban las anclas cruzadas. A fines del siglo XIX también se incorporaron aquellas a los sellos ovales de uso administrativo, incluso el Escudo Nacional en el centro.-
En los uniformes previstos en el primer Reglamento Interno de 1881 se establecía el uso en la gorra de una sola ancla en hilo de plata, situación que se mantuvo hasta el 6 de octubre de 1893 en que el Presidente de la República Dr. Luis Sáenz Peña, firma el Decreto por el que se establece el distintivo oficial de la Prefectura, consistente en "Dos Anclas Cruzadas bordadas en hilo oro".
En 1924, el gallardete distintivo de la Prefectura fue modificado por el que se usa actualmente, es decir, una bandera blanca orlada con un ribete en color azul y las dos anclas cruzadas en el centro en el mismo color. Se utilizó sólo en el bauprés de las embarcaciones de la entonces Prefectura General Marítima hasta el 25 de abril de 1941, año en el que comienza a izarse también en los mástiles de todos los Organismos y Dependencias de la Institución.