Corría el año 1863 y el 27 de agosto se producía su fundación. En la fecha el gobierno de Corrientes promulga la Ley que restablecía el extinguido pueblo de Santo Tomé. Esta ciudad había sido una antigua reducción jesuítica, fundada por el padre Luis Ernot en el lugar llamado Sierra del Tapé, allá por el año 1632. El padre Ernot, nativo de Holanda, realiza el traslado del pueblo en 1638 a su actual lugar, con el concurso de aproximadamente 1.000 familias indias Precisamente, durante la administración de la Compañía de Jesús gozó de gran prosperidad como las otras reducciones, pero luego de la expulsión de los miembros de la Orden comenzó su decadencia al igual que todas sus pares.
En 1817, como la mayoría de los pueblos establecidos a la margen del río Uruguay, fue arrasado por las huestes del general brasileño Chagas dos Santos, quien incendió y saqueo todo por orden del Emperador del Brasil.
La repoblación comenzó a partir de 1832 a migrar sobre la campiña de Santo Tomé, tiempos en que el comandante paraguayo Juan Cabañas suscribió con el gobierno correntino una convención relativa a la incorporación de esa zona a la jurisdicción correntina. Cuando sus vecinos regresaron tras pasar los furibundos ataques portugueses, se reinstalaron, pero esta vez más al sur, en el lugar llamado San Juan del Hormiguero, frente al paso San Borja.
Más tarde, por las inundaciones, se trasladaron a su actual emplazamiento y primitivo lugar de asentamiento.
Hasta el pacto con Cabañas, Santo Tomé dependía de la comandancia militar de San Miguel, bajo cuya jurisdicción estaban los cacicazgos de Loreto, Corphus, Apóstoles, Santa María y San Ignacio. Pocos meses duró la paz con los indios, ya que ni Cabañas ni su lugarteniente el alcalde Jacinto Arareyú, ambos de raza india, contribuyeron con sus actitudes a recrear un clima de convivencia.
A principios de 1834 llegó al Hormiguero, punto del nuevo asiento de Santo Tomé, el teniente Enrique Báez al frente de una docena de hombres para establecer una guardia. Desde 1834 hasta 1840 en toda la denominación oficial se la denominó Paso de San Borja. Hacia el año 1836 el gobierno correntino comenzó a ceder fracciones de campo en la región. Era el propósito del gobernador Rafael Atienza fomentar colonias agrícolas en esa zona con familias llevadas de Curuzú Cuatiá.
La guerra civil que envolvió a la provincia brasileña de Río Grande obligó a emigrar a estas zonas a muchas familias que se radicaron en La Cruz o Santa Ana y otras frente al Hormiguero (Santo Tome), suscitándose muchos problemas de convivencia. Esto obligó al nuevo comandante de La Cruz, Capitán Lino Antonio Martínez, nacido en Esquina, quien había llegado a la zona en 1838, a reemplazar al Comandante Pucheta y a esforzarse para restablecer el orden provocado por lugareños y extranjeros.
Comenzaba así lentamente el arraigo de pobladores sujetos a la constante zozobra que importaba también la permanente presencia de fuerzas paraguayas invasoras en el nordeste provincial. Por entonces llegaba a Santo Tomé, con numeroso ganado, don Juan Cardozo, como así también el carpintero Pedro Careaga y un personaje como Juan Fernández, quien por su vocación a la mentira recibió el mote de Juan Yapú.
Arribaron progresivamente Juan María Gómez, Clemente Meza, José Fontela, Jacinto Mora, Juan Francisco Gutiérrez, Antonio Bonorino, etc.
Hacia 1841 los habitantes de Santo Tomé eran 320, de los cuales 37 eran brasileños, 3 paraguayos, dos italianos, un uruguayo y un español. En ese año el gobernador Pedro Ferré envía al capitán Bartolomé Grondona, quien tuvo una lamentable actuación según las cartas enviadas por el jefe de fronteras Coronel Manuel Antonio Ledesma al gobernador. Ledesma le trasmitía a Ferré que protegía el contrabando y que desde Itaquí hasta Santo Tomé todo era un vivo desorden. Grondona fue reemplazado por José Félix Pucheta.
El 26 de abril de 1842 Pedro Ferré designa como Encargado Especial del territorio de Santo Tomé hasta el Aguapey, al capitán Juan Bautista Sandoval, independizándose así de la comandancia de La Cruz.
El 1º de octubre de 1844 comenzó a funcionar la primera escuela elemental que tuvo el pueblo, acaso desde la expulsión de los jesuitas, a cuyo frente fue puesto el joven Waldo Benigno Zárate. En tanto el primer médico, no diplomado, fue el teniente Bernardo Abreu, brasileño republicano exiliado a principios de 1845.
En 1846 vuelven los paraguayos al mando del general Legueisa a invadir la zona, siempre con el afán de apoderarse del apetecido territorio correntino que le permitiría el paso directo hacia el Brasil. Una posterior invasión estuvo comandada por el mismísimo Francisco Solano López, entonces hijo del dictador guaraní Carlos López.
El censo dispuesto en 1854 por el gobernador Pujol determinó una población de 628 personas, siendo designado ese año Comandante y Juez de Paz Lino Antonio Martínez.
En 1860 comenzó a germinar la idea de afincarse en el viejo Santo Tomé y se inició luego una lenta repoblación de lo que eran las ruinas jesuíticas. El primero en regresar al lugar fue el receptor Montaña y lo siguió don Cesáreo Centeno y muchos más. El 7 de octubre de 1861 el agrimensor doctor Antero Del Rivero inicia los trabajos de mensura reuniendo para ello a toda la población en la plaza principal.
Un día antes de la firma del decreto por parte del gobernador Manuel Ignacio Lagraña, la Legislatura Provincial convertía en Ley el proyecto de los diputados José María Aguilar y Ángel Montiel, el que determinaba la reinstalación del pueblo.
En 1872 quedó inaugurada la iglesia que fue puesta bajo la advocación de la inmaculada Concepción. El 2 de junio de 1890 es declarada ciudad por ley de la Legislatura. El 25 de junio de 1892 abrió sus puertas el Banco Nación y el 3 de febrero de 1901 llega el ferrocarril y en marzo inició su gestión el Registro Civil.
La Escuela Normal comenzó sus clases el 18 de abril de 1910 y el 25 de marzo de 1915 se fundó la Sociedad Rural. Llegó la iluminación en la tarde del 14 de febrero de 1925. El 19 de marzo de 1940 la ley Nº 906 dio a la ciudad la autonomía comunal.
Cuenta con dos museos, el Depósito "Miguel J. Centeno", de historia y motivos tradicionalistas, y el Museo Histórico Regional "Pablo Argilaga". El templo principal de la Iglesia Católica conserva pertenencias de la antigua reducción jesuítica. Es sede de dos universidades y varios institutos terciarios. En los meses de enero y febrero los carnavales congregan gran número de personas para ver sus comparsas.
El "Festival del Folclore Correntino", que se desarrolla durante la segunda quincena de Noviembre, dio comienzo en el año 1963. Yo tuve la “fortuna de participar en dos de ellos. En el de 1965 integrando el cuarteto vocal “Los Corochiré” (zorzales en guaraní) obtuvimos el primer premio y fue nuestro pasaporte al Festival de Cosquín 1966. Arribamos a la final con los Manseros Santiagueños y obtuvimos el premio Consagración”. Inolvidable para el autor de esta nota. Allí conocí en Santo Tomé a Julio Marbis conductor, a Osvaldo Sosa Cordero y a Miguel López Breard que actuaron como Jurado.
Otros atractivos son la Plaza San Martín, de estilo colonial y la Iglesia Catedral de la Inmaculada Concepción. Entre sus edificios se cuentan la Escuela Normal "Víctor Mercante", gran educador puntano ubicado en la calle principal, donde además se extienden los comercios y galerías, el Hospital Universitario San Juan Bautista (Hospital cabecera en la región), un estadio de fútbol y complejo polideportivo municipal.
En la zona de paseo ribereño, cercano a la bajada del río, existen extensos murales y en sus calles, pequeñas esculturas en forma de columnas vistosas. Además, un monumento con mirador de 8 metros de altura en honor al Santo Tomás y un hito, considerado el arco de entrada, con motivo de una cruz jesuítica en el ingreso a la ciudad.
Los carnavales de Santo Tomé Corrientes, se realizan desde los años 1960, con la aparición de la primera comparsa llamada Turma Do Fon Fon, en 1959. Un año después nació la Comparsa Marabú. Luego se sumarían Cerro Berá, Ipanema y Colón. También tuvo un paso fugaz la comparsa Diablo Show.
Este tradicional carnaval, que nace unos años después que el famoso de Paso de los Libres, tiene un estilo carioca y convoca a miles de personas. El desfile se realiza por un Corsódromo construido especialmente para este evento.
Sus principales actividades económicas son el comercio fronterizo y la oferta académica de grado; los emprendimientos agropecuarios y ganaderos en las afueras de la ciudad y en pueblos cercanos son su actividad tradicional. Junto a otras nueve localidades integra la "Microrregión Tierra Colorada". Posee una decena de hoteles de variadas categorías y servicios. También son importantes los emprendimientos forestales y aserraderos.
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