El patrimonio histórico, edilicio y arquitectónico de la ciudad de Corrientes está marcado en gran parte por las obras e imponentes construcciones religiosas como las iglesias y donde el templo de Nuestra Señora de la Merced es una de las más tradicionales y antiguas. Entre sus muros guarda algunos de los testimonios más trascendentes de la historia de Corrientes, como los restos de “las cautivas correntinas”, confesionarios del siglo XVIII y se estima que podrían encontrarse algunos de los restos de los primeros habitantes de la ciudad que llegaron a estas costas en 1588.
La iglesia de Nuestra Señora de la Merced se encuentra en un punto estratégico de la ciudad: la bajada de la plaza 25 de Mayo, el solar histórico de la Capital y lugar donde se registraron los primeros asentamientos que dieron lugar a Corrientes. Según señalan historiadores y los documentos históricos, poco tiempo después de la llegada de los colonizadores, en 1590, en el lugar donde se encuentra la iglesia, los miembros del convento de mercedarios levantaron la ermita de Nuestra Señora de la Merced y posteriormente comenzó la construcción del actual convento.
Asimismo, la arquitecta Angela Sánchez Negrette señala en su libro “Arquitectura republicana en la ciudad de Corrientes. Siglo XIX y XX”, que a partir de 1600 la estructura de la construcción fue pasando por diversas etapas caracterizadas por distintos materiales.
Pero no fue hasta 1862 (cuando el predio no estaba más a cargo de los mercedarios sino en manos de los franciscanos) cuando comenzaron las obras de construcción del actual templo. Tales obras de reestructuración del templo y del convento fueron llevadas a cabo por el padre Filiberto Boccio y el proyecto fue de Nicolás Grosso.
Por su parte, el 13 de julio de 1900 (bajo el gobierno de Juan Esteban Martínez) se colocó la piedra fundamental de la nueva iglesia, se reformó la fachada y se levantaron las torres, se construyó una nueva bóveda y se colocaron los altares laterales que fueron donados por diversos fieles.
Inclusive hasta mediados del siglo pasado las torres y el campanario de la iglesia hicieron de la construcción el edificio más alto de la ciudad.
Dentro de los personajes que ayudaron a su construcción, estuvieron el ingeniero italiano Giovanni Col, así como Antonio Samela, quien en 1924 construyó el camarín de la imagen de la Virgen.
En los años 1931 y 1932 el artista correntino Miguel Pascarelli realizó las pinturas del techo de la nave central, con lo cual quedó concluída totalmente la obra.
A pesar de las imágenes en su fachada (donde están Jesucristo Redentor, Moisés y las figuras de la Justicia y la Fortaleza), sumados a los testimonios históricos, el historiador Fernando González Ascoaga en su libro “Las muertes de Corrientes” señala que en el predio podrían encontrarse los restos de los primeros ciudadanos correntinos, ya que esos lugares solían ser empleados como cementerios de las personalidades destacadas de la época o familias acaudaladas.