Los revolucionarios liberales a su regreso definitivo de la Guerra del Paraguay tomaron entonces el gobierno y designaron gobernador a Santiago Baibiene. Esta restauración liberal inauguraría una serie ininterrumpida de gobiernos de este partido durante varios años.
El Partido Liberal sin embargo no logró consolidar su unidad, sufriendo varias divisiones que dificultaron su cohesión. Las escisiones en el seno del partido respondían en muchos casos a los enfrentamientos políticos en el orden nacional. Tradicionalmente, el liberalismo correntino fue aliado del mitrismo, pero hacia los primeros años de la década del 70 aparecieron facciones opuestas al liderazgo del general Bartolomé Mitre.
Las facciones ya estaban definidas cuando se designó gobernador a Baibiene. No obstante, hubo un cierto acuerdo entre los diversos sectores en respaldar al nuevo gobernador. Al fin y al cabo, Santiago Baibiene era liberal como ellos y venía a acabar con el reaccionario Partido Federal, cuya última versión había sido el gobierno de Evaristo López. Pero la tolerancia se fue desgastando con el tiempo.
Santiago Baibiene gobernó exclusivamente con su grupo, excluyendo a la otra facción liberal. El sector gubernamental se mostró cerrado, impermeable y en cierto modo intolerante. Respondía a los lineamientos políticos del mitrismo y la corriente liberal opositora, denominada "fusionista", por pretender lograr la reunificación del partido, declaró la guerra al gobierno. Los hechos tomaron un rumbo incierto. Pero diversos acontecimientos detuvieron los enfrentamientos liberales por un tiempo.
Ñaembé - En Entre Ríos, una revolución federal comandada por Ricardo López Jordán promovió un levantamiento contra el gobernador Justo José de Urquiza, que fue asesinado en su Palacio San José. El Partido Federal de Corrientes, enemistado con Urquiza por su actitud frente al gobierno de Evaristo López, adhirió abiertamente a la “revolución jordanista” y se plegó a ella para retomar el poder.
La amenaza de una invasión desde Entre Ríos unió provisoriamente al Partido Liberal, ante la presencia de un enemigo común. El ataque de López Jordán, efectivamente, se produjo. Pero el gobernador Baibiene logró derrotar al caudillo entrerriano, secundado por el mismísimo Evaristo López, en la batalla de Ñaembé, el 26 de enero de 1871.
Baibiene se autoproclamó el héroe de la batalla, aunque los hombres que fueron decisivos en el triunfo fueron Daniel Artaza, Desiderio Sosa, Plácido Martínez y Wenceslao Domínguez, todos liberales. Sus adversarios debieron detener la acción opositora.
Fiebre amarilla - Pero las catástrofes no habían terminado para Corrientes. En 1871 una terrible epidemia de fiebre amarilla flageló a la población de la provincia, extendiendo su acción devastadora hasta la propia ciudad de Buenos Aires. Santiago Baibiene no realizó grandes obras de gobierno, aunque se hicieron numerosos planes para desarrollar la provincia. La guerra y la epidemia impidieron cumplir con gran parte de las obras proyectadas. No obstante, hubo sectores de la economía provincial que experimentaron una sensible mejoría. La explotación de los bosques misioneros y la producción yerbatera aumentaron su actividad, aunque en un nivel muy inferior a sus posibilidades.
Cuando en 1871 hubo que elegir nuevas autoridades, la pasión política renació en Corrientes. La facción liberal "fusionista" criticaba abiertamente al gobernador Baibiene a través del periódico “La Fusión”. El gobierno, por su parte, tampoco ahorró diatribas contra sus opositores, que lo acusaban de oligárquico-conservador. Varios fueron los intentos de reunir al Partido Liberal a través de un acuerdo entre la línea fusionista y la conservadora, pero no prosperaron.
Como era de esperar, en las elecciones de 1871 triunfó la facción conservadora, cuyo candidato, Agustín Pedro Justo, asumió la gobernación en la Navidad de ese año. Justo era nacido en Goya, y cuando niño fue alumno de Camila O´Gorman y el sacerdote Ladislao Gutiérrez, quienes fundaron la primera escuelita de Goya, cuando recalaron en 1847 huyendo de las garras de Juan Manuel de Rosas.
El nuevo gobernador era un verdadero hombre de la élite provincial. Culto e ilustrado, mantenía los lineamientos doctrinarios propios de la corriente liberal que lo había llevado al poder: el dominio político de la provincia debía estar en pocas manos.
Pero los “Liberales fusionistas” no estaban dispuestos a esperar tres años más de autoritarismo y soberbia. A días de la asunción del nuevo mandatario estrecharon contactos con jefes militares adictos para derrocar al gobernador Justo. Apoyados por una facción militar se levantaron en armas y depusieron a Agustín Pedro Justo, en Enero de 1872, no sin antes combatir con el oficialismo conservador, que finalmente fue desplazado del gobierno.
Gregorio Pampín Gobernador - Se constituyó una junta de gobierno compuesta por los tres principales dirigentes del fusionismo: los doctores Gregorio Pampín, Tomás Vedoya y Emilio Díaz. Luego se nombró gobernador provisional a Gregorio Pampín.
Reunido el nuevo colegio electoral, la fórmula oficialista Miguel V. Gelabert-Wenceslao. F. Cabral triunfó y el nuevo mandatario trató de reconciliar las corrientes internas del liberalismo. Conformó un gabinete de coalición con los federales. Tal vez esta decisión se haya debido a la necesidad de aislar al sector liberal opositor para que no quedara aislado el propio gobierno. Pero las intrigas palaciegas reaparecieron con consecuencias fatales: el vicegobernador Wenceslao Cabral fue asesinado en un confuso episodio. Sucedió en una de sus estancias de Mercedes el Establecimiento “Yuquerí”, donde tuvo la desgracia de ser asesinado el 30 de Enero de 1873, dándose por motivo opiniones políticas.
La situación del país se agravaba a medida que se aproximaba la fecha de las elecciones generales. En 1873, López Jordán volvió a levantar Entre Ríos, aunque esta vez fue rápidamente derrotado, evitando a Corrientes una nueva pesadilla. El mitrismo sin embargo preparaba otra revolución que, en Corrientes contó con el apoyo del sector conservador del liberalismo, interesado en derrocar a Gelabert.
La revolución mitrista de 1874 fue finalmente aplastada en Buenos Aires. En Corrientes se había reducido solamente a la ciudad de Goya. La alianza entre los partidos del Interior que habían conformado el Partido Nacional, liderado por Nicolás Avellaneda y el autonomismo porteño, dio lugar a una nueva entidad política: el Partido Autonomista Nacional. En los comicios de 1874 triunfó llevando al gobierno a la fórmula Avellaneda-Acosta, que contó con el apoyo del oficialismo correntino.
El nuevo gobierno se propuso una "reconciliación nacional". Los correntinos fueron, en ese sentido, precursores, ya que la participación del Partido Federal en el gobierno liberal fusionista de Gelabert no era otra cosa que una conciliación. Tal vez motivada por cuestiones más bien tácticas, pero de una manera u otra permitió la participación de la oposición en el gobierno.
La conciliación liberal fusionista y federal volvió a triunfar en los comicios provinciales de 1875 con la fórmula integrada por Juan Vicente Pampín y José Luis Madariaga. El primero representaba al liberalismo fusionista, el segundo al Partido Federal.
El nuevo gobernador intentó la reunificación liberal, pero sus planes se malograron a causa de su repentina muerte en marzo de 1876. Inmediatamente asumió la gobernación José Luis Madariaga, con lo que inesperadamente el Partido Federal se encontró con todo el poder. Luis Madariaga “poncho yeré” se constituyó en el fundador del Partido Autonomista. Lo convoca a Manuel Derqui y de ahí en más debemos contar otra historia política provincial, rica en aportes para el firmamento democrático de Corrientes.