Antes, durante y después de la realización de las obras de Yacyretá surgieron cuestionamientos por parte especialistas y defensores del medio ambiente, sobre los efectos que podría generar el proyecto tanto en el agua como en la fauna íctica. Tanto desde la Entidad Binacional a cargo del proyecto como desde otros sectores defensores de la presa, aseguraban que no habría efectos negativos porque se habían tomado las precauciones correspondientes.
Una explicación que no convenció a los diversos sectores defensores del medio ambiente, una prueba de ello fue cuando en septiembre de 1994 aparecieron en la zona de Yacyretá unos 120 mil peces muertos, reventados y con los ojos salidos de la cabeza.
En aquella oportunidad a través de medios de comunicaciones digitales y de la prensa escrita difundieron los estudios realizados por el Centro de Ecología Aplicada del Litoral (Cecoal) que supuestamente indicaban que se trataba de un siniestro que no había sido producido por causas naturales, por patógenos o por contaminación. La hipótesis en ese momento fue que los peces habían muerto como consecuencia de "la enfermedad de la burbuja", la cual se produce por la saturación de nitrógeno que se podría dar en las presas hidroeléctricas. Si bien esta cuestión, quedó de cierta forma en el olvido, en los últimos días resurgió en Ituzaingó luego de que trascendiera que habría una nueva mortandad de peces.
Para conocer detalles sobre esta supuesta situación, una de las fuentes consultadas por El Litoral fue la Prefectura Naval de Ituzaingó. Desde el organismo expresaron que durante las recorridas que realizan habitualmente no observaron peces muertos en la zona por lo cual no estaban en condiciones de hablar sobre el tema.